Beberapa periode perkembangan karantina di Indonesia
- Periode Haven Arts (Dokter Pelabuhan)
Pada zaman ini, Indonesia masih dalam zaman penjajahan Belanda. Saat itu, penanganan kesehatan di pelabuhan dilaksanakan oleh Haven Arts (Dokter Pelabuhan) yang berada dibawah Haven Master (Syahbandar).
- Periode Pelabuhan Karantina
Pada zaman ini, Indonesia telah merdeka dan sekitar tahun 1949-1950, pada zaman ini Pemerintah Republik Indonesia mulai berperan dalam kesehatan pelabuhan. Pemerintah mulai membentuk 5 pelabuhan Karantina, yaitu Pelabuhan Karantina Kelas I Tanjung Priok , Pelabuhan Karantina Kelas I Sabang, Pelabuhan Karantina Kelas II Surabaya, Pelabuhan Karantina Kelas II Semarang, dan Pelabuhan Karantina Klas III Cilacap.
- Periode Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut (DKPL) dan Dinas Kesehatan Pelabuhan Udara (DKPU)
Pada zaman ini, pada tahun 1970 terbentuk Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut (DKPL) dan Dinas Kesehatan Pelabuhan Udara (DKPU) yang secara teknis dan administratif terpisah walaupun berada dalam satu kota yang sama. Saat itu dibentuk 60 DKPL dan 12 DKPU melalui SK Menkes No.1025/DD /Menkes tahun 1970, tentang pembentukan Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut (DKPL).
- Periode Kantor Kesehatan Pelabuhan
Pada zaman ini, Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut (DKPL) dan Dinas Kesehatan Pelabuhan Udara (DKPU) dilebur menjadi Kantor Kesehatan Pelabuhan yang pembinaan teknis dan administratifnya berada dibawah naungan Bidang Desenban Kantor Wilayah Departemen Kesehatan. Saat itu melalui SK Menkes Nomor 147/Menkes/IV/78 KKP terdiri atas 10 KKP Kelas A dan 34 KKP Kelas B.
Kemudian terbitlah SK Menkes 630/Menkes/SK/XII/85, yang menggantikan SK Menkes No.147, dengan jumlah KKP yang berubah menjadi 46 KKP yang terdiri dari 10 KKP Kelas A dan 36 KKP Kelas B (KKP Kelas B bertambah 2 KKP yaitu Dili dan Bengkulu).
- Periode KKP sebagai UPT Dirjen PP & PL Kemenkes (dahulu Depkes) RI
Pada zaman ini, sejak penerapan Undang-undang Otonomi daerah, melalui Peraturan Pemerintah tentang Pembagian Kewenangan mengamanatkan bahwa Kekarantinaan menjadi wewenang Pemerintah Pusat dan pada tahun 2004 terbitlah terbit SK Menkes No 265/Menkes/SK/III/2004 tentang Organisasi & Tata Kerja KKP yang baru. KKP terdiri dari KKP Kelas I : 2 KKP, KKP Kelas II: 14 KKP, dan KKP Kelas III: 29 KKP.
Kemudian pada tahun 2007 dilakukan revisi terhadap SK Menkes No 265/Menkes/SK/III/2004 tentang Organisasi & Tata Kerja KKP melalui Peraturan Menteri Kesehatan nomor 167/MENKES/PER/II/2007. Melalui Permenkes ini, KKP bertambahlah 3 KKP baru, yaitu : KKP Kelas III Gorontalo, KKP Kelas III Ternate dan KKP Kelas III Sabang.
Pada tahun 2008 dilakukan lagi revisi sekaligus mencabut permenkes 265 tahun 2004 dengan Permenkes 356/MENKES/PER/IV/2008. Sejak berlakunya Peraturan ini, maka di lingkungan Departemen Kesehatan terdapat 7 KKP Kelas I, 21 KKP Kelas II, dan 20 KKP Kelas III.
Pada tahun 2011 PERATURAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR 2348/MENKES/PER/XI/2011 TENTANG PERUBAHAN ATAS PERATURAN MENTERI KESEHATAN NOMOR 356/MENKES/PER/IV/2008 TENTANG ORGANISASI DAN TATA KERJA KANTOR KESEHATAN PELABUHAN. Sejak berlakunya Peraturan ini, maka di lingkungan Kementerian Kesehatan terdapat 7 (tujuh) KKP Kelas I, 21 (dua puluh satu) KKP Kelas II, 20 (dua puluh) KKP Kelas III, dan 1 (satu) KKP Kelas IV (bertambahnya KKP Kelas IV Yogyakarta).