Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia nomor 2348/MENKES/PER/XI/2011 tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 356/MENKES/PER/IV/2008 tentang tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan, Kantor Kesehatan Pelabuhan menjalankan tugas dan fungsi :
KKP mempunyai tugas melaksanakan pencegahan masuk dan keluarnya penyakit, penyakit potensial wabah, surveilans epidemiologi, kekarantinaan, pengendalian dampak kasehatan lingkungan, pelayanan kesehatan, pengawasan OMKABA serta pengamanan terhadap penyakit baru dan penyakit yang muncul kembali, bioterorisme, unsur biologi, kimia dan pengamanan radiasi di wilayah kerja bandara, pelabuhan dan lintas batas darat negara.
Dalam menyelenggarakan tugasnya Kantor Kesehatan Pelabuhan menyelenggarakan fungsi :
1. Pelaksanaan kekarantinaan;
2. Pelaksanaan pelayanan kesehatan;
3. Pelaksanaan pengendalian risiko lingkungan di bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
4. Pelaksanaan pengamatan penyakit, penyakit potensial wabah, penyakit baru, dan penyakit yang muncul kembali;
5. Pelaksanaan pengamanan radiasi pengion dan non pengion, biologi dan kimia;
6. Pelaksanaan jejaring sentra / simpul jejaring surveilans epidemiologi sesuai penyakit yang berkaitan dengan lalu lintas nasional, regional, dan internasional;
7. Pelaksanaan, fasilitasi, dan advokasi kesiapsiagaan dan penanggulangan Kejadian Luar Biasa (KLB) dan bencana bidang kesehatan, serta kesehatan matra termasuk penyelenggaraan kesehatan haji dan perpindahan penduduk;
8. Pelaksanaan, fasilitasi, dan advokasi kesehatan kerja di lingkungan bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
9. Pelaksanaan pemberian sertifikat kesehatan obat, makanan, kosmetika dan alat kesehatan serta bahan adiktif (OMKABA) ekspor dan mengawasi persyaratan dokumen kesehatan OMKABA impor;
10. Pelaksanaan pengawasan kesehatan alat angkut dan muatannya;
11. Pelaksanaan pemberian pelayanan kesehatan di wilayah kerja bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
12. Pelaksanaan jejaring informasi dan teknologi bidang kesehatan bandara, pelabuhan;
13. Pelaksanaan jejaring kerja dan kemitraan bidang kesehatan di bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
14. Pelaksanaan kajian kekarantinaan, pengendalian risiko lingkungan, dan surveilans kesehatan pelabuhan;
15. Pelaksanaan pelatihan teknis bidang kesehatan bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
16. Pelaksanaan ketatausahaan dan kerumahtanggaan KKP;